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Les principaux problèmes qui nuisent à la qualité des eaux de baignade sont majoritairement de nature microbiologique, sauf situation exceptionnelle telle qu'une pollution par déversement accidentel de produits chimiques.
Au-delà de la contamination de l'eau par le baigneur lui-même, les sources de pollution microbiologiques sont issues notamment de mauvais raccordements d'habitations au réseau d'assainissement, de débordements des réseaux d'eaux usées, de rejets de station d'épuration d'eaux résiduaires et du ruissellement sur les sols lors des pluies importantes. L'existence de dispositifs d'assainissement autonome défectueux dans certaines zones d'habitation, mais aussi la pollution diffuse apportée par les rejets mal maîtrisés des zones d'élevages, en particulier par temps de pluie, constituent aussi des causes de pollution microbiologique. L'impact des rejets sur une zone de baignade dépend de divers facteurs : quantité de pollution rejetée, éloignement du point de rejet par rapport à la zone de baignade permettant une certaine autoépuration des rejets, caractéristiques de la dispersion des rejets des courants marins.
Le contrôle et le suivi régulier de la qualité des eaux de baignade permettent de connaître les impacts de divers rejets éventuels situés à l'amont du site et notamment d'apprécier les éventuels dysfonctionnements liés à l'assainissement d'eaux usées, aux rejets d'eaux pluviales souillées, etc, qui influenceraient la qualité de l'eau du site de baignade. Les connaissances ainsi acquises peuvent fournir une aide à la décision aux collectivités locales afin d'améliorer la maîtrise des causes des pollutions engendrées notamment par une mauvaise gestion des eaux usées domestiques.
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